O feijão-fava (Phaseolus lunatus) é uma das principais espécies do gênero Phaseolus, destacando-se pelo alto rendimento, ampla adaptação e maior tolerância a pragas e doenças. Embora ainda seja uma cultura subutilizada, apresenta grande potencial para a segurança alimentar, podendo servir como fonte de proteína e também como alternativa ao feijão-comum, especialmente em regiões quentes e secas, onde o feijão-fava demonstra melhor adaptação. Considerando sua importância, estudos genômicos são essenciais para compreender a diversidade e a evolução da espécie, bem como para identificar genes associados a características de interesse agronômico e econômico, contribuindo para os programas de melhoramento genético. Entre as ferramentas moleculares mais utilizadas atualmente estão os marcadores de Polimorfismo de Nucleotídeo Único (SNPs), que, a partir das tecnologias de sequenciamento de nova geração (NGS) e da genotipagem por sequenciamento (GBS), permitem elucidar aspectos importantes sobre a domesticação e a estrutura genética da espécie. Diante disso, este estudo, por meio da utilização do GBS, tem como objetivo identificar SNPs e avaliar a estrutura genética de 34 linhagens da geração F9, oriundas de cruzamentos biparentais de feijão-fava, bem como associar essas variantes a características agronômicas. Até o momento, foi realizada a caracterização genotípica das linhagens, sendo identificados 7.404 SNPs após a filtragem. A proporção de dados ausentes (missing data) foi igual a zero, indicando que todos os loci foram genotipados em todos os indivíduos, e que a genotipagem cobriu grande parte do genoma. Observou-se maior número de transições entre as bases nitrogenadas, evidenciando consistência no conjunto de SNPs. Com relação à estrutura genética, foram identificadas linhagens com alelos privados, níveis de homozigosidade variando de 0,85 a 0,98 e níveis de heterozigosidade observada superiores aos esperados. Os dados também revelaram a formação de pelo menos quatro grupos genéticos entre as linhagens, sendo um deles mais definido e homogêneo, composto por linhagens oriundas do cruzamento entre BGP UFPI 728 e UC HASKELL. Os demais grupos sugerem maior semelhança genética entre linhagens originadas de diferentes cruzamentos. Portanto, é necessário dar continuidade aos estudos para identificar as variações genéticas associadas a características de interesse agronômico e, assim, explorar o potencial genético dessas linhagens.